Test créé pour mesurer l’effet des variantes génétiques dans le cancer du sein

Des chercheurs de la Mayo Clinic ont combiné les résultats d’un test fonctionnel qui mesure l’effet des variantes héréditaires du gène BRCA2 dans le cancer du sein et de l’ovaire avec des informations cliniques provenant de femmes subissant un test génétique pour déterminer la signification clinique pour BRCA2 de nombreuses variantes de signification inconnue (VUS, (VUS) variantes. Les résultats ont été récemment publiés dans une étude de l’American Journal of Human Genetics.

« Dans le gène BRCA2, il existe plus de 4 565 variantes distinctes de signification inconnue qui sont répertoriées dans la base de données des variantes cliniques des National Institutes of Health (NIH) », explique le Dr Fergus Couch, chercheur sur le cancer du sein à la Mayo Clinic. Cette base de données répertorie les variantes soumises par les laboratoires de tests génétiques et les groupes de recherche.

Le Dr Couch affirme que le nombre de 4 565 variantes représente environ 50 % de toutes les variantes signalées pour BRCA2 dans la base de données du NIH. Il ajoute que ces variantes sont présentes chez plusieurs milliers de personnes qui ont été testées dans le monde entier, mais qu’ils n’ont aucun moyen de connaître la signification clinique de ces variantes particulières. Pour leur part, les médecins de ces personnes n’ont pas non plus la possibilité d’utiliser ces informations pour sélectionner des méthodes de prévention du cancer du sein ou de l’ovaire, ou pour choisir des thérapies ciblées pour traiter les tumeurs présentant des altérations du gène BRCA2.

Utilisation des informations génétiques

« La méthode actuelle pour tenter de déterminer la pertinence clinique des variants de signification inconnue dans BRCA2 repose sur un ensemble de règles dictées par l’American College of Medical Genetics and Genomics et l’Association for Molecular Pathology (ACMG/AMP), qui utilise à la fois des informations génétiques sur les variants et des informations provenant des patients et de leur famille », explique le Dr Couch. Couch.

Le scientifique et son équipe ont appliqué un test fonctionnel pour déterminer l’influence de nombreux variants d’importance inconnue sur l’activité de réparation des dommages à l’ADN de BRCA2. Tout d’abord, ils ont démontré que le test fonctionnel avait la capacité de discriminer clairement dans BRCA2 les variants connus pour provoquer un cancer pathogène et les variants connus pour être bénins qui n’augmentent pas le risque de cancer. Ils ont ensuite appliqué le test aux variants de signification inconnue et ont combiné les résultats avec d’autres informations provenant des règles ACMG/AMP.

DISCOVERY

« Nous avons constaté que parmi les variants de signification inconnue que nous avons étudiés, 86 % ont été reclassés comme bénins ou pathogènes, ce qui représente une grande avancée par rapport à environ 10 % des variants faux-sens dans le domaine de liaison de l’ADN précédemment classés. C’est la première fois qu’un test fonctionnel est combiné de cette manière avec les informations de l’ACMG/AMP, et les résultats montrent qu’il est très efficace », déclare le Dr Couch.

THERAPIE CIBLÉE

Les résultats signifient également que les femmes atteintes d’un cancer de l’ovaire peuvent désormais savoir si elles sont éligibles à une thérapie ciblée avec des inhibiteurs de la poly-ADP-ribose polymérase (PARP).

La recherche du Dr Couch est financée par le programme spécialisé d’excellence en recherche (SPORE) pour le cancer du sein attribué à la Mayo Clinic par l’Institut national du cancer (P50 CA116201).

SIGNIFICATION DES VARIANTS

Le scientifique ajoute que les résultats auront un effet positif sur les soins car les patientes pourront savoir si leurs variants de signification inconnue pour le cancer du sein sont bénins ou pathogènes.

« L’évaluation des patientes dont les variants de signification inconnue sont bénins peut désormais se faire sur la base des antécédents personnels et familiaux de cancer du sein ou de l’ovaire et non plus uniquement sur la base des résultats des tests génétiques. De même, les patientes classées avec des variants pathogènes peuvent bénéficier d’un dépistage plus fréquent du cancer ou de mastectomies prophylactiques pour réduire le risque de cancer du sein », conclut le scientifique.

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Cette entrée a été publiée le 5 mars 2021 08:24

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