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Génomes et transcriptomes des parasites cestodes : nouveaux outils pour la compréhension de leur biologie et le développement de stratégies de contrôleLucas Maldonado, Marcela Cucher, Natalia Macchiaroli, Federico Camicia, Eugenia Ancarola, Gabriel Ávila, Matías Pérez, Hugo Vaca, Laura Kamenetzky et Mara RosenzvitInstituto de Microbiología y Parasitología Médica (IMPaM), UBA-CONICET, Paraguay 2155, Piso 13.CP 1121. Buenos Aires, Argentine. [email protected] parasites de la classe des Cestoda provoquent des maladies négligées telles que l’échinococcose kystique ou hydatidose, l’échinococcose alvéolaire et la neurocysticercose. Leurs agents étiologiques sont les stades larvaires d’Echinococcus granulosus sensu lato (s. l.), Echinococcus multilocularis et Taenia solium respectivement. Ces parasites présentent des caractéristiques particulières telles qu’une adaptation extrême au parasitisme, des cycles de vie très complexes et une plasticité phénotypique remarquable. E. granulosus s.l. présente un niveau de complexité supplémentaire en raison de sa variation génétique, étant actuellement considéré comme un complexe d’espèces qui diffèrent par des caractéristiques telles que l’hôte intermédiaire, la pathogenèse et l’antigénicité. Ces dernières années, le séquençage des génomes complets d’E. multilocularis, Taenia solium, Hymenolepis microstoma (Tsai etal, 2013) et E. granulosus sensu stricto (s. s.) a été réalisé (Tsai et al, 2013, Zheng et al 2013). Ces études permettent une compréhension globale du génome de ces parasites, des études évolutives, la détermination des gènes codant pour les protéines, qu’ils soient conservés ou uniques, et la connaissance des voies métaboliques et de signalisation qui sont présentes et de celles qui sont absentes. De même, disposer d’informations génomiques est extrêmement utile pour l’identification des molécules impliquées dans la régulation des gènes. À cet égard, notre groupe a caractérisé le transcriptome des petits ARN non codants de trois espèces d’Echinococcus spp. Cela nous a permis de déterminer que les microARN, petits ARN silencieux qui agissent au niveau post-transcriptionnel, considérés comme des régulateurs maîtres du développement, sont le principal type d’ARN non codant chez ces cestodes (Cucher et al, 2011 ; Cucher et al, 2015 ; Macchiaroli et al, 2015). L’étude de l’expression différentielle entre les stades et les espèces suggère que certains de ces petits ARN sont impliqués dans les processus de développement de ces parasites. Dans le but de contribuer à la caractérisation génomique des espèces circulantes dans notre région, nous avons formé le consortium FLAT-DB comprenant des groupes de chercheurs du Brésil, de l’Uruguay et de l’Argentine. Dans ce cadre, notre groupe a réalisé le séquençage d’Echinococcus canadensis, une espèce qui fait partie du complexe E. granulosus s. l. et qui produit 36% des cas humains en Argentine. Nous avons obtenu un génome de haute qualité et réalisé une génomique comparative avec E. granulousus s.s. et E. multilocularis. Ce génome constitue une source d’informations pour les études génomiques, génétiques, évolutives, biologiques et épidémiologiques et fournit de nouvelles données pour la conception rationnelle de nouvelles stratégies d’intervention contre les maladies négligées causées par les parasites cestodes.

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